Entre las actividades que lleva a cabo la Fundación Encuentro podemos destacar:
Reúnen a científicos y hombres de acción de diversas disciplinas y tendencias para dialogar con rigor y pluralismo sobre cuestiones actuales de interés general. En los últimos años se han celebrado una veintena de Debates en los que han participado casi un millar de invitados.
La Fundación mantiene una serie de Grupos de reflexión científica (think tanks) para el seguimiento de algunos procesos que tengan conexión con los temas tratados.
